農(nóng)業(yè)環(huán)境類司法鑒定主要涉及三個層次：（1）現(xiàn)狀或程度鑒定，即對污染或者破壞現(xiàn)狀（包括范圍、程度、污染類別等）進(jìn)行鑒定；（2）因果關(guān)系鑒定，即“就企業(yè)的排污行為與農(nóng)民種植（養(yǎng)殖）的農(nóng)作物（畜禽）或農(nóng)民承包的農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地、養(yǎng)殖水面等受損之間是否存在因果關(guān)系”進(jìn)行鑒定；（3）損失評估鑒定，即在現(xiàn)狀鑒定和因果關(guān)系鑒定的基礎(chǔ)上，對破壞或者污染造成的損失（包括經(jīng)濟(jì)損失、生態(tài)損失）進(jìn)行定量化評估。
農(nóng)業(yè)環(huán)境類司法鑒定的特點：
1 科學(xué)性和客觀性農(nóng)業(yè)環(huán)境類司法鑒定中的科學(xué)性和客觀性就是要求鑒定憑借其擁有的專業(yè)知識和技能，運(yùn)用成熟的科學(xué)技術(shù)理論、方法、手段，采用公認(rèn)的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，使用適宜的儀器設(shè)備，嚴(yán)格按照規(guī)定的程序和操作規(guī)程，并將其貫徹于現(xiàn)場檢案、現(xiàn)場采樣、樣品檢測、樣品分析等鑒定過程，通過科學(xué)客觀的判斷形成鑒定證據(jù)；要求鑒定機(jī)構(gòu)加強(qiáng)規(guī)范化建設(shè)和內(nèi)部管理，監(jiān)督和科學(xué)管理鑒定實施過程和各種規(guī)范、標(biāo)準(zhǔn)的操作過程?？茖W(xué)性和客觀性還要求鑒定機(jī)構(gòu)和鑒定人在具體案件中注意技術(shù)判斷的整體性和鑒定請求的合法性之間的沖突，并恰當(dāng)協(xié)調(diào)沖突，控制鑒定成本。
2 及時性及時性，是指對于委托人委托的鑒定事項，鑒定機(jī)構(gòu)及鑒定人必須在法定時限內(nèi)及時審查、及時受理、及時采樣、及時分析、及時提交鑒定意見。
3回溯性在環(huán)境因果關(guān)系鑒定中，不少案件中的鑒定事項，尤其是重新鑒定事項和裁決性鑒定事項，委托到鑒定機(jī)構(gòu)時，鑒定現(xiàn)場已經(jīng)滅失或者致害因子已經(jīng)消退，鑒定所依托的事實基礎(chǔ)已經(jīng)不復(fù)存在，鑒定中對事實的判斷難度明顯增大。對于此類鑒定，鑒定機(jī)構(gòu)和鑒定人只能根據(jù)已有的材料和信息對事實的